大明王朝正德十四年(公元1519年)，时局动荡，风雨飘遥。武宗正德皇帝病危，喝下太医华南的药汤后吐血而亡。张太后下令处置华南。华南觉得武宗死得蹊跷，便带着自己的医簿连夜逃出。武宗无子嗣，朝廷按明朝祖制，湖广安陆就藩的兴王朱厚熜被定为皇位继承人。
此时朱厚熜却得了寒热怪病，经湖广蕲州名医李言闻救治，病情转危为安。在母亲蒋王妃的安排下，朱厚熜抱病坐囚车赶往京城。李言闻携幼子李时珍和大夫徐长民一起护送朱厚熜。一路上危机四伏，腥风血雨，这一切在童年李时珍的心灵里留下了深深的烙印。
大明医圣李时珍分集介绍 第二集公元1521年四月二十一日，朱厚熜抵京登基，年号嘉靖。登基后的第六天，大臣张慎联合众臣上书，要求嘉靖尊孝宗为皇考，尊父亲兴献王为皇叔考，母亲蒋王妃为皇叔母。蒋王妃得知消息，勃然大怒，拒绝进宫，并且一病不起。李言闻照料太妃有功，被嘉靖封为九品吏目，徐长明被封为八品太医。
在这场长达三年的“大礼仪”之争中，朝中与嘉靖作对的大臣有的被贬官，有的被流放，更多的被杖毙。正直忠勇的李言闻为几位杖刑受伤的大臣疗伤，并且暗地里将杖刑致死“罪臣”张慎之子张行义收为养子，改名为李行义。这惹怒了蒋太妃，且被逐出京城。李言闻携李时珍和养子李行义回到家乡蕲州。
大明医圣李时珍分集介绍 第三集十多年之后，李时珍和义弟李行义，还有李言闻收养的好友之女斯语都长大成人。李行义跟着李言闻学习医术，李时珍则按照父亲的要求一心科举，只能暗地里偷学医术。李时珍入书院的第一天因抢了荆王世子朱成翊的风头，从此便成了朱成翊的眼中钉。在书院时间越长他与朱成翊的积怨越深。在王府的干预下，李时珍不得不退出书院，回家自学。
不久，朱成翊的爱妃因喝了李言闻开的药后暴亡。朱成翊要斩李言闻，幸亏荆王府郡主朱苌葶出面求情。朱成翊答应给李家三天时间找出原因，否则定斩不饶。李时珍和李行义通过朱苌葶找到世子妃用过的药渣，发现里面少了一味叫黄精的药，而多了一味不知名的药，这让兄弟俩大为疑惑!
大明医圣李时珍分集介绍 第四集李时珍和李行义找到抓药的药店理论，药店掌柜坚持自己没有抓错药。眼看三天限期已到，就在他们几乎绝望的时候，李时珍的好友黄一丰终于打听到此药名叫钩吻，有剧毒。
面对王爷和世子的审问，药店掌柜拿出一本药书《本草别录》证明黄精就是钩吻，二者为同一药。李时珍情急之下从身上掏出黄精和钩吻，让王府当场验明，两味药分别让两头牲畜吃下，结果吃了黄精的安然无事，吃了钩吻的则当即毙命。药店掌柜被斩，临死前要家人烧了所有的本草书籍。世子朱成翊依旧要斩李言闻，郡主再次相救。大堂之上，李时珍发现苌葶郡主似曾相识，但一时没想出个头绪。李时珍从此背着父亲研习古今药书，发誓写出一本准确的本草书籍来。
大明医圣李时珍分集介绍 第五集苌葶郡主为安抚哥哥失去爱妻的伤痛，找来李时珍，并和他跑遍蕲州，销毁了全城所有药店中被人们误认为是黄精的钩吻。之后，郡主和李时珍回忆起童年一次难忘的相遇，二人从此成为好友，常常出游郊外。荆王妃见郡主神情异样，便开始给她张罗婚事。郡主坚持不嫁，提出李时珍才是自已的最爱。王妃叫来李言闻一番羞辱，要求他管束好自已的儿子。从此李时珍和苌葶都被家里严管起来。
世子朱成翊自爱妻去世后就常常在翠花楼酗酒鬼混。王府祭祖大典在即，世子的随从何三求郡主出面把世子朱成翊叫回家。苌葶答应了何三的请求，但要何三带她去见李时珍一面。李时珍和苌葶相见互诉衷肠，然后一起去翠花楼找世子。面对醉生梦死的哥哥，苌葶痛楚万分。世子醉眼朦胧，见李时珍在场，便好一番羞辱。李时珍拂袖而去，对父亲发誓不再见苌葶。
大明医圣李时珍分集介绍 第六集李家医馆来了一位经过特殊打扮的不速之客，坚持要李时珍为她看病。李言闻叫来李时珍，来人露出真面目，原来是朱苌葶。李时珍见是苌葶拔腿便走，苌葶一路追出来，在街上长葶摔倒把脚扭伤，李时珍才心软地来扶起她，两人和好如初，约定等李时珍考取功名后再嫁他。
朝中大臣严蒿托人来荆王府为公子严世蕃说媒，这正中王妃下怀，世子和王爷、王妃一起向郡主苌葶施压，苌葶不为所动。王妃不得已答应女儿，如果李时珍考取功名，便同意这门婚事;如果李时珍考不中，苌葶便乖乖嫁到严家。李时珍去武昌参加乡试，偶遇楚王世子并与他结为至交。朱成翊为拆散李时珍和苌葶这对恋人，让何三想办法让李时珍落榜并身败名裂。
大明医圣李时珍分集介绍 第七集李时珍来到考场，却因错过时间不得进场，但他急中生智利用楚王世子赠送给他的腰牌总算进去顺利参加了考试。
贡院的阅卷房内，当主考官冯天驭对一份卷子大加赞赏之后，很快又看到了另一份内容与之完全相同的卷子。这让他顿生疑惑，很快查出这两份卷子分别是李时珍和一个叫乔生的。乔生已经不知去向，李时珍被抓来审问。面对一身正气的李时珍，冯天驭相信不是他作弊。经过周密地调查，他终于明白是荆王府在陷害李时珍。冯天驭不敢得罪荆王府，明确告诉李时珍是冤枉的，但他也无能为力。他劝李时珍三年之后再来考试，那时一定帮他。李时珍见官场黑暗，无心涉足仕途，便断然拒绝。
大明医圣李时珍分集介绍 第八集李时珍落榜还被扣上个舞弊的帽子，回到家中，几乎崩溃。从小一起长大并一直暗恋李时珍的斯语，在李时珍房门口守了三天三夜也不见他出房门半步。苌葶出现，一番话让李时珍含泪走出房门。斯语见状，十分伤心。苌葶对李时珍的信任使李时珍重新燃起生活的信心，他们相约私奔远走他乡。朱成翊良心发现，被妹妹和李时珍的爱情所感动，帮助他们逃出了蕲州。
但是，李时珍和苌葶几经周折，历经磨难，终究未能逃脱王府的追捕。苌葶在路上染病，被抓回之后便卧床不起。李时珍在王府遭受酷刑，加上担心长葶，气郁致病已是奄奄一息。李言闻和李行义到王府求情，李行义要求自己留下代兄受罚，让病危的哥哥回家治病，荆王准许。
大明医圣李时珍分集介绍 第九集荆王府派人要李言闻到王府为苌葶治病，李言闻两难。斯语主动请缨并立下生死状代父去王府为苌葶治病。李时珍在父母的精心照料下病情有了好转，长葶经李行义的治疗和斯语的心理疗法重现生机，王爷守诺将李行义、斯语放回家中。
李时珍科考失意，爱情破灭，灰心到了极点。李言闻决定让李时珍学医，这让李时珍又燃起了生活的热望。李父教导李时珍医药知识和处世为人的道理。一年一度放花灯的日子到了，苌葶借口出来放花灯在湖边与李时珍相遇。俩人约定，等明年王府祭祖大典之时再次出逃，这一年苌葶决定做个乖乖女，要李时珍好好学医，将来好养家糊口。
福成药店内，漂亮的村姑庞玉兰来为弟弟求药，被荆王府的管家何三调戏，幸得黄一丰救助。黄一丰将玉兰引见给李时珍，由李家为其弟诊治足疾。
大明医圣李时珍分集介绍 第十集朱成翊与本地巡抚听惠民局主管杨洪勤说宫中每年要进大量蕲艾，认为这是个赚钱的路子，于是吩咐家丁将乡民的庄稼拔掉，强逼乡民改种蕲艾。李时珍发现乡民改种蕲艾后口粮没有保障，便向父亲学习种植蕲艾的方法，努力提高蕲艾产量，产量提高后可一半土地种蕲艾，一半土地还可种庄稼。
因蕲艾制作方法不对，百姓卖给惠民局的蕲艾又被如数退回，百姓怨声载道。李时珍在邻村走访学习蕲艾制作方法时得知附近山上住着一位制艾高人，便独自上山寻找求教。几经周折，终于如愿见得一个叫华南的高人，也就是第一集里从皇宫出逃的太医吴浩然，他却断然据绝了李时珍拜师学医的请求。
大明医圣李时珍分集介绍 第十一集李时珍守在华南屋外不肯离去，最后，华南被李时珍的诚心和人品感动，答应收李时珍为徒。
李行义发现蕲州出现了几例肺瘟，因为此瘟疫非官府的阿胶不能治愈，于是赶紧报告惠民局。惠民局主管杨洪勤联合知府和巡抚趁机向朝廷要钱，将几例的肺瘟患者谎报为几万例，于是，朝廷下拨买阿胶除疫的银两全进了这三人的腰包。杨洪勤拿着大把的银票到京城找到严世蕃，买了个太医院院判的官衔。杨洪勤的下属李堂提拔为蕲州惠民局主管。
不久，一场规模空前的肺瘟再次席卷蕲州，而朝廷除疫的银子早已下拨。杨洪勤无奈之下找到严世蕃问计，严世蕃要求他发动当地药商捐钱捐药。药商无计可施，只好用假阿胶充数。
大明医圣李时珍分集介绍 第十二集李行义发现惠民局用假药除役，义愤填膺。李时珍得知瘟疫在整个蕲州蔓延，想请华南下山相救。华南似有隐情，不愿下山。李时珍无奈之下只身下山救助染病的百姓，就在李时珍与施舍假药的官员发生冲突时，华南突然出现，帮李时珍摆脱困境。没有阿胶，李时珍与华南用罗汉果研制出一种药有很好疗效，疫情得到有效的控制。
福成药行的何三一伙仿效李时珍的除役药丸，制假贩假，害死不少百姓，李行义与黄一丰决定要找到他们出售假药的把柄。李行义只身前往福成药行，发现那里正在大量制作假阿胶，不料被何三发觉打昏。当何三派人将昏厥的李行义拖至郊外的悬崖顶正准备抛下悬崖时，李行义被一直在暗中保护他的舅舅老焦相救。老焦带着李行义回到了久别的京城，从此，李行义在舅舅老焦的指引下踏上了一条复仇的不归路。
大明医圣李时珍分集介绍 第十三集李行义的失踪使李家焦急万分，四处寻找。当他们在郊外的悬崖顶找到李行义的一只鞋后，相信李行义已经遇害，李家陷入了深深地悲痛之中。李时珍决定找出真凶，为弟弟报仇雪恨。他在黄一丰的帮助下来到惠民局药材库，找到了假阿胶等一批假药。正当李时珍带着“证据”，准备离开惠民局时却被惠民局主管李堂发现。李时珍将计就计，掌握了惠民局制假贩假等犯罪证据。李堂摸不清虚实，也不敢轻易加害李时珍，眼睁睁看着李时珍离去。李时珍到知府衙门状告惠民局。知府得知自己一伙的罪恶行径已经暴露，老羞成怒，授意李堂杀人灭口。是夜，张村有人来请李时珍出诊，不料半道跳出杀手将他砍倒，并扔进村头废屋。斯语见李时珍夜深未归，去张村寻找。经好心人指引，斯语终于在村头的废屋找到了奄奄一息的李时珍。斯语割血相救，李时珍得以生还。
大明医圣李时珍分集介绍 第十四集李时珍在斯语和家人的照顾下身体慢慢康复，他说动父亲支持他继续告下去。他到了巡抚衙门状告福成药行与惠民局勾结贪污朝廷除疫银两、制假贩假，使得瘟疫蔓延、百姓死伤无数。巡抚暗示李时珍不要再告。朱成翊也找到李时珍，以成全李时珍和苌葶的婚事为条件让李时珍撤诉，遭到李时珍的拒绝。
很快，巡抚便用假的人证物证告李时珍出售假药害死人命，将其缉拿归案。危急之时，顾先生出面带领众乡绅为李时珍求情。巡抚有所收敛，却暗中找严世蕃问计。严府明示先定罪再说，巡抚随即判李时珍秋后问斩。顾先生赶紧给亲家刑部尚书冯天驭写信求救，冯天驭研究卷宗后觉得案情重大，似乎与严家有牵连，随即请内阁大臣夏言定夺，夏大人正愁找不到拿捏严嵩的把柄，下令彻查此案。
大明医圣李时珍分集介绍 第十五集钦差大臣冯天驭到达蕲州，引起当地官府的恐慌。朱成翊勾结巡抚想杀李时珍灭口，可李时珍命大福大，又被冯天驭相救。很快，冯天驭便在蕲州查明了案情真相，让朝野震动。
严世蕃哭求其父严嵩保命，严嵩无奈带严世蕃去夏言府跪求开恩。夏言一时心软，暗示冯天驭舍卒保车，放过严家。冯天驭无奈，只得将蕲州惠民局李堂和福成药行何三打入死牢，判李时珍流放西域。
大明医圣李时珍分集介绍 第十六集李言闻悲愤之极，进京求见蒋太后面呈李时珍的案情。嘉靖知道后命冯天驭重审此案。严嵩授意严世蕃将罪过转嫁到荆王世子朱成翊的身上。嘉靖果然上当，以为朱成翊是幕后黑手。太后暗示要杀一儆百，打击藩王，以稳朝政。嘉靖判朱成翊极刑。
之后，嘉靖还派大太监崔方赴灾区慰问，并奖励李言闻家救灾有功。李言闻表明应该得到皇上奖赏的是李时珍的师傅华南。崔方见到华南时不由得大吃一惊，原来华南就是当年被宫廷追杀的太医吴浩然。崔方顿生杀机。华南自知难逃一死，便支走李时珍，临别前嘱咐李时珍要完成他重修本草的愿望。
大明医圣李时珍分集介绍 第十七集华南求崔方放过李时珍，因为他什么也不知道。崔方答应。华南坦然赴死。
李时珍回来找不到师傅，却发现了以自己名义垒起的华南的墓碑，大恸，之后又发现华南留给他的一本太医院医簿，心中顿生疑惑。
蒋太后去世，嘉靖感觉到死亡临近，下诏选一皇家血脉的少女为自己祈福，并让道长负责炼制长生不老丹药。苌葶知道自己和李时珍尘缘已尽，于是决意出家前往。李时珍找到苌葶劝她放弃这一念头，被苌葶拒绝。
皇宫内建起炼丹房，道长带来两个徒弟，苌葶发现其中一个徒弟就是李行义，感到诧异。李行义求苌葶为他的身份保密，并要求苌葶不要让他的家人知道他还活着。
大明医圣李时珍分集介绍 第十八集李时珍的好友黄一丰和玉兰结为了夫妻。李时珍心中念念不忘苌葶，当他偶尔从父母的谈话中得知他和斯语早有婚约时，便开始有意疏远斯语。
李行义受命修建炼丹房，乘机修建了从炼丹房直通嘉靖修道打坐秘室的通道，伺机复仇。嘉靖下诏召二百童女进宫献血作为药引，使第一批丹药很快炼成。就在李行义着手复仇计划的同时，被抽血的宫女们铤而走险也决定谋杀嘉靖。可是谋杀失败，参于谋杀行动的宫女全部被凌迟处死。李行义的复仇计划被搅，一个叫杨雪英的宫女在李行义的帮助下躲过劫难并与之相爱。
大明医圣李时珍分集介绍 第十九集李时珍的痛苦和茫然使斯语感觉到自己成了李时珍感情上最为沉重的负担，于是决定远嫁他乡。就在斯语含泪嫁人时，李时珍幡然醒悟，追回了斯语，两人终于结为夫妻。
嘉靖康复后决定搬去西苑万寿宫，朝中大小事务由严嵩代为料理。离开皇宫前他特意召见了杨雪英，并且将她留在身边加以宠幸。李行义在冰冷的宫中刚刚萌生起来的爱情，又被嘉靖占有，新仇旧恨使李行义怒火中烧。
太子在册封大典时因服用丹药而亡。李行义按舅舅老焦的苦肉计供出道长和老焦，道长和老焦被处死，李行义赢得嘉靖信任，被提升为道长。杨雪英为嘉靖怀上龙种，被皇上册封为敬妃。不料遭情同姐妹的张惠妃暗害，杨雪英流产，从此被嘉靖冷落。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十集又是十几年过去了，已经三十多岁的李时珍告别父母妻儿，来到楚王府担任奉祠正一职，因为治好了楚王儿子的怪病，得到楚王的赏识。
李时珍为了完成修本草大业，请求楚王推荐自己进太医院。楚王答应了，推荐李时珍进京报考太医院，并告诉他考太医院要过严世蕃这一关。
李时珍来到京城，在高拱府上找到了父亲的旧友太医院院使徐长明，并与徐长明一道为高拱诊断出多年的顽疾，深得高拱赏识。李时珍在高拱的引见下拜会了裕王，裕王乐意推荐李时珍进太医院。李时珍的推荐信经杨洪勤之手送到严世蕃手上，严世蕃气急败坏，暗示杨洪勤在考场上好好“对待”李时珍。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十一集太医院考场上，李时珍大明医圣李时珍分集剧情介绍 第一个交卷，杨洪勤正欲做手脚，恰好徐长走进考场，表示要与杨洪勤共同监考。前面各科考试李时珍考试成绩均在大明医圣李时珍分集剧情介绍 第一，但最后一轮辨药考试中，因为杨洪勤偷梁换柱，使得李时珍中计失误。李时珍的名字被严世蕃从考生中划掉。后来，因为裕王和高拱出面力保李时珍，严嵩为了平衡各方势力，命杨洪勤将李时珍录取为太医院实习医师。李时珍终于如愿进了太医院。
接着，被录用的实习医师们在杨洪勤的带领下熟悉每一项宫廷礼仪和太医院的规矩。在实习过程中，李时珍虚心求教，隐忍苦学。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十二集嘉靖授意李行义给张惠妃服食一种强身健体的丹药。杨敬妃为了复仇，与李行义密谋决定在张惠妃的饮食中做手脚，让丹药和饮食相冲，使张惠妃生发毒疮且皮肤变得粗糙。疮毒怪异，太医无人能治。
太医院有规定，实习生犯小错两次，大错一次将被逐出太医院。杨洪勤为赶走李时珍，决定让李时珍为张惠妃治病，徐长明想制止却没有成功。可没想到李时珍不负众望，治好了张惠妃的病，打破了杨洪勤的如意算盘。嘉靖要奖赏给张惠妃治病的太医，杨洪勤却说是太医院集体的功劳。徐长明按张惠妃的意思安排杨洪勤告假，而让李时珍做了她的主治医官。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十三集李时珍治好了张惠妃的病并用水果汤汁等办法使惠妃恢复了往日的容颜，之后，李时珍还查出了毒疮的病因是张惠妃服食的丹药和近期食用鹿肉相冲，不禁心生疑惑。就在这时李行义约见了将李时珍，兄弟俩相见，悲喜交加。李时珍抱怨李行义既然还活着，为什么不让家人知晓，李行义以自己伺候在皇上身边随时会有不测，不想让家人再一次为自己伤心加以搪塞。李时珍不再计较，却质问惠妃娘娘的丹药和饮食，李行义承认是自己大意并要求李时珍为此事保密。李行义嘱咐李时珍不要让他人知道他们之间的关系，这让李时珍很是不解。
张惠妃病好如初，令杨敬妃大为恼火，并迁怒于李时珍，然后自作主张与杨洪勤合谋欲将让李时珍赶出太医院。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十四集李行义知道后大怒，让杨敬妃找到杨洪勤下令一定要留住李时珍。
不久朝鲜太子来访，李行义找到严世蕃并暗示他若嘉靖立裕王为太子，日后登基必定倒严，若立窝囊的景王为太子则对严家无后患，严世蕃苟同。自此，李行义利用严世蕃开始了他另一复仇的险恶计划。
嘉靖与大臣商议接待朝鲜太子一事，按长幼秩序，本应由长子裕王出面接待，但在严世蕃等人的干预下，嘉靖让裕王和景王两位王子出面接待。由于严世蕃的“言传身教”，景王在朝堂之上的表现令皇上大喜，让众臣惊异。当朝堂上众臣答不出朝鲜太子随行医生的提问时，嘉靖十分尴尬。景王此时提出让父皇同意他师傅李时珍来解答。李时珍的精辟陈述，使朝鲜使者心悦诚服。景王请求皇上同意让太医院重修《本草》，这令李时珍心花怒放。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十五集李时珍被景王在朝堂之上当众称作师傅很诧异，景王谦恭一定要拜李时珍为师，两人谈论重修《本草》一事。李时珍对景王十分敬重，且充满期望。
朝鲜太子在参观太医院时突然晕倒，经李时珍就治，病情好转。朝鲜太医金基泰对李时珍的出色表现十分敬佩，要拜李时珍为师。李时珍表明自已只是一名实习医师，还没有资格收徒。
三个月的实习期满后，李时珍顺利拿到太医院颁发的行医腰牌。此时山东上报发生瘟疫，皇上招大臣商议，决定派李时珍去山东除疫。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十六集李时珍带着一班人马去疫区与来京城的斯语一行擦肩而过。斯语在京城的家中遇到自称李时珍徒弟的金基泰，得知李时珍的去向。斯语把孩子交给黄一丰和玉兰照看去找李时珍，金基泰执意随行。
疫区不断扩大，重灾区已被官府隔离，李时珍冒死在重灾区救治百姓，得知斯语也来到疫区，便来到临时用来隔离疫区的护城河边与斯语隔河相会。官府规定隔离区一律只进不出，疫区尚未染病的灾民想逃出疫区被官兵射杀无数。李时珍为安抚百姓，当众饮用被污染的河水，说自己也染病毒，大限只有七天，要百姓相信他七天定能治好染病的百姓。暴乱平息。李时珍吩咐斯语和金基泰，能治好瘟疫的药方尚缺灵芝，让他们无论如何要在七天之内找回灵芝。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十七集斯语和金基泰奔走深山，惊奇地发现本是盛产灵芝的地方却找不见灵芝，一位采药老农告诉他们灵芝已被朝廷征收。二人赶紧抄近路追赶朝廷征收灵芝的车队，斯语从山上摔下来被苌葶率领的车队相救，苌葶得知李时珍尚在疫区，火速赶来。李时珍此时已感染了疫情，情形危急。苌葶做主将御药灵芝全捐献给了疫区。斯语和金基泰说动官员进入隔离区，李时珍和百姓得救，疫情也得到了控制。
有人告李时珍动用御药，罪当杀头，可是皇上念李时珍除疫有功，提拔为太医院吏目，赏白银百两药材百斗。李时珍和家人团聚，在李时珍帮助下，黄一丰和玉兰开起了药膳馆，生意红火。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十八集严世蕃找到景王，拿出一摞戚继光抗倭的捷报劝说其赴前方督战，景王心生畏惧，不愿冒险。严世蕃说景王只要有了战功，朝廷上下当刮目相看，立太子就顺理成章，若怕瘟疫，就让李时珍同行。景王答应，于是向嘉靖请求去前线督战。嘉靖十分欣慰。李时珍到景王府与景王商议修本草一事，景王便采取激将法使李时珍同意随自己出征。李时珍答应跟随景王让裕王高拱等人大为反感。
景王要演一出与战士同甘苦，共患难的闹剧，又担心吃不惯士卒吃的伙食，便命徐管家做一批吃肉不见肉的食品随身携带。徐管家和景王府的厨师们如热锅上的蚂蚁。热心的黄一丰决定帮徐管家一把，几经试验，黄一丰和玉兰终于发明了一种美味的饼干。黄一丰要李时珍品赏自己的杰作，并告诉是徐管家所托为景王特制，当即招来李时珍一顿责骂，他坚持认为景王不是那种贪图享乐之人。
大明医圣李时珍分集介绍 第二十九集李时珍在渐江前线见景王慷慨陈词，暗暗庆幸自己遇到了明主。一天，李时珍在营帐内为一位受伤的旗兵治伤，得知戚继光精心设计的一场破敌战术，竟让胆怯的景王给搅了，戚家军损失惨重。李时珍大为疑惑。当晚，又从景王随从徐管家处得知景王的确没有和将士们同甘共苦，而是只吃黄一丰为他特制的饼干，还听到景王要管家去贿赂戚继光帮忙掩盖他在战场上“丑事”，李时珍失望之极。戚家军最后组织夜间偷袭成功，大胜敌寇，景王班师回朝后受到皇上封赏。
景王府办起庆功宴，李时珍心灰意冷，拒绝与景王、严世蕃之流喝酒，不欢而散。李时珍来到十珍斋见黄一丰与徐管家等人结拜兄弟，并劝李时珍入伙。李时珍一气之下，掀翻了桌子，不顾黄一丰的求情赶走了徐管家等人。黄一丰生气，要与李时珍绝交
大明医圣李时珍分集介绍 第三十集景王原形毕露，修本草的计划落空，李时珍陷入了深深的痛苦之中，他告假在家中。金基泰领来一名绝望的口腔病患者，李时珍无能为力，他的神情让患者更加绝望了。患者走后，李时珍自责不已。不久，那位康复的口腔病患者奇迹般出现在李时珍面前，李时珍羞愧难当，当他得知是一老和尚治好了被他判了死刑的患者后，便赶紧去找到这位叫八戒的老和尚，向他求教。可老和尚并不懂医，他只是凭别人给他的一个方子治好了不少病患。老和尚的生活态度感染了李时珍，二人成为了忘年交。黄一丰负气出走后醉倒于街头，被李时珍救回家中，兄弟俩重归于好。
北部边关告急，李行义向嘉靖建言此战非皇家龙脉督战才可取胜，皇上觉得有理。严世蕃再进景王府游说，景王胆怯装病推脱.
大明医圣李时珍分集介绍 第三十一集徐阶，高拱为挽回裕王在皇上面前失宠的局面，劝裕王出马督战。裕王请命，得到皇上准许。严世蕃等处处设局，要置裕王于死地。李行义深夜来到严府将一剧毒药包交给严世蕃，并交代此药包可使裕王全军的军粮腐烂，严世蕃会意。裕王出征要带随军太医，太医院无人愿意出征。正在告假的李时珍主动请缨，裕王将信将疑，免强同意。因李时珍曾跟随景王令裕王很是反感。
临行前，李时珍和斯语与孩子话别，安排了家事，又来到黄一丰处告别。黄一丰反复叮嘱李时珍，敌我交战非同儿戏，要他注意安全，为了家人平安返回。
就在嘉靖为裕王送行之际，有人偷换了军队的药品车辆。
大明医圣李时珍分集介绍 第三十二集裕王、高拱率兵抵达边关丰连城。鞑靼人很快便兵临城下。裕王、高拱方才明白是中了严世蕃的圈套。高拱怀疑李时珍跟来一定不怀好意，派卫士阿木盯着他的一举一动。李时珍准备查看军中用药，士兵不让其靠近。李时珍来到裕王大帐前求见裕王，高拱出面接见了他，并羞辱他是严世蕃派来的走狗。被闲置起来的李时珍依旧尽职尽责，任劳任怨，查看用水是否安全，为马夫疗伤，同士卒和马夫打成一片，心情显得开朗起来。
接着，明军营中有内奸在军粮中投毒，士卒纷纷病倒，丰连城危在旦夕。是夜，有箭射向鞑靼王大帐，鞑靼王从箭上取下信笺，得知明军全军染上了痢疾。鞑靼王不敢相信，决定派探子明军营地打探虚实。
大明医圣李时珍分集介绍 第三十三集明军几乎完全丧失了战斗力，全军已无可用药品。军医官说出征前所带药品均有李时珍验过，裕王大怒，下令拘捕李时珍，而军中早已不见李时珍的身影，裕王高拱断定李时珍是景王和严世蕃派来的内奸。山中采药的李时珍通过当地百姓寻得医治痢疾的偏方，治好了监视他的阿木，在回城的途中，李时珍和阿木惊奇地发现，丰连城早已被鞑靼人围得水泄不通。二人冒死穿过敌人的封锁线，回到明军大营，将治痢疾的偏方告诉了将士们。可当他们走进主帅大帐时，高拱立即下令逮捕李时珍。阿木坚持李时珍是忠臣以死相保，并要高拱放了李时珍，自己出城去搬援兵。高拱将信将疑同意阿木出城，但李时珍不能放。
明军将士用过李时珍寻来的偏方后，疫情得到控制。鞑靼人猛烈攻城，裕王与将士同仇敌忾，浴血奋战。阿木搬来援兵，明军大败鞑靼人。裕王和高拱终于认识到李时珍才是堂堂正正的君子。
大明医圣李时珍分集介绍 第三十四集因为有李时珍的药膳方子和斯语的手艺，黄一丰的药膳馆——十珍斋的生意一直很好，这让小财主丁冬强十分眼红，于是他在十珍斋的对面也开了一家药膳馆百珍斋。很快，百珍斋和十珍斋双方争抢生意打起价格战。黄一丰眼看生意不好，开始逛赌场和妓院。他老婆玉兰知道后，便和他大闹了一场。在李时珍和斯语的劝说下，两人总算和好如初。丁冬强找来当地黑老大大锅堂帮忙，欲将十珍斋赶出京城。大锅堂带人砸了十珍斋的场子，黄一丰带景王徐管家和侍卫将大锅堂一伙制伏。
嘉靖来到炼丹房，李行义和苌葶分别向皇上建言重修《本草》，嘉靖决定拔壹万两银子给李时珍启动编修《本草》工程。李时珍大喜，以为自己毕生愿望就要实现了。
大明医圣李时珍分集介绍 第三十五集李行义为了控制景王，给他服食成瘾的火麻仁丹药。一旦停服此药，景王便会发病，丑态百出。一次，正好让嘉靖见到，嘉靖对景王失去信心，于是赐湖广德安府为景王封地，让其病好后离京。李时珍奉皇命为景王治病，景王情绪失控，赶走了李时珍。景王一时冲动之下收买杀手谋害裕王，结果没能伤及裕王，却将同行的高拱剌成重伤。这引起了嘉靖的强烈不满。
李行义希望嘉靖的儿子们以及嘉靖父子之间自相残杀，现在他想毒死裕王然后嫁祸于景王，于是他去与严世蕃密商，利用裕王例行检查的机会，以治病为名从中下药，达到让裕王慢性中毒致死的目的。严世蕃不知李行义的诡计，他只是想毒死了裕王便保住了景王从而也就保住了自己，于是交待杨洪勤办理此事。
大明医圣李时珍分集介绍 第三十六集杨洪勤依计来给裕王查病，他把脉后告诉裕王已患风寒，开了“药方”。严世蕃担心李时珍发现杨洪勤“药方”里的秘密，决定对李时珍开刀。李行义得知后，找到李时珍劝他离开京城两年。李时珍心系重修《本草》大业，没有答应。
李时珍加紧查找资料，做好编修《本草》的准备工作。他常常废寝忘食，斯语默默照顾着他。
百珍斋老板丁冬强找到玉兰，告诉她黄一丰在妓院，玉兰找到黄大吵大闹。李时珍的两个儿子从书院回家途中被人邦票，索要二万两银子，黄、李两家拿出全部家当依然不够，这不禁让他们焦急万分。金基泰也赶来想办法救师傅的儿子。
大明医圣李时珍分集介绍 第三十七集黄一丰偷偷将十珍斋的牌子卖给丁冬强，可赎金还是不够。黄一丰和玉兰劝李时珍把修《本草》的一万两银子先拿出来赎儿子，可李时珍没有答应。
李时珍万般无奈，找到李行义帮忙，李行义让他不要着急，答应想办法。李行义找到锦衣卫的雷子哥出面查找，孩子很快救出。绑匪原是黄一丰结义的把兄弟张军。李时珍带着斯语来见李行义表示感谢。
李行义救孩子的事引起崔方的怀疑。李行义意识到李时珍必须尽快离开太医院，不然会影响自己的复仇大计。
大明医圣李时珍分集介绍 第三十八集李时珍的两个儿子虽然救回来了，但是他们还常常从睡梦中惊醒。这让斯语感到京城不是久呆之地。李行义找到斯语，让她劝李时珍赶快离开京城，不然孩子还会有危险。斯语下定决心带孩子们离开，李时珍坚持留下修《本草》，一家人含泪离散。
张惠妃和杨敬妃为了争宠斗得不可开交，张惠妃怀孕，杨敬妃心情狂燥，担心自已地位不保，找到李行义求助。李行义来到张惠妃府上，假装关心其饮食起居，设下圈套，并推荐李时珍为其把脉，以保胎儿安全。张惠妃对李行义的指点心存感激。
大明医圣李时珍分集介绍 第三十九集张惠妃因服用李时珍开的保胎药而流产，皇上大怒，欲治罪李时珍，李行义劝皇上将李时珍发配民间，将功补过，皇上照准。
李时珍知道自己是被冤枉了，但却有口难辩。李行义前来为李时珍送行，李时珍行至半道私自返回京城，潜入黄一丰处，想将自已的冤情查清。
李时珍找到金基泰，让其从太医院偷出张惠妃用过的药渣和药灌，未能得手。李时珍被丁冬强发现，并马上报告了官府。官方四处搜查李时珍，长葶将李时珍藏到白云观的密室里。
斯语回到家乡后放心不下李时珍，再次重返京城，得知李时珍的遭遇，为他担心不已。
大明医圣李时珍分集介绍 第四十集长葶带斯语到密室和李时珍相见，自己却默默离去。
李时珍派金基泰找徐长明帮忙取出药灌，却遭到杨洪勤的阻拦，徐、杨两人闹翻。李时珍又求苌葶帮助。苌葶以视察太医院为名，来到太医院库房，设法将药灌打碎带出宫中，经李时珍查验，药灌碎片上果然有毒。
苌葶将药灌下毒一事上报皇上，嘉靖赦免了李时珍，并责令大太监崔方彻查。经崔方查证，为张惠妃送药灌的太监已自杀，死无对证，于是将张惠妃身边的贴身丫头紫兰顶罪处死。张惠妃不服，告诉皇上此事一定是杨敬妃干的。嘉靖大怒，下令将杨敬妃软禁宫中。
大明医圣李时珍分集介绍 第四十一集张惠妃来到杨敬妃禁宫嘲笑她的失败，结果反遭到杨敬妃的讥讽。李行义见到杨敬妃被软禁，心痛不已。
李时珍官复原职回到太医院。玉兰为了报复丁冬强告密，假装与他合作经营美容药膳。丁冬强上当，按玉兰给的秘方做出药膳送于严世蕃，结果害得严世蕃的小老婆满脸长豆，严世蕃大怒，将百珍斋砸了，丁冬强垮台。
徐阶、高拱来到裕王府，报告德安的景王府已完工，要想办法让景王尽快离开京城，好立裕王为太子。严世蕃则让景王说服皇上，以编修《本草》为名留在京城，寻找翻身的机会。
大明医圣李时珍分集介绍 第四十二集景王找到皇上陈述编修《本草》的理由，声泪俱下，嘉靖被感动，答应了景王的要求，并让李时珍协助景王完成此项大计。李时珍决定再相信一次景王，和他一起着手编修《本草》。就在景王想一展宏图之时，李行义出现在景王府，有意透露出皇上仙丹已炼成，皇上还会再活三百年。景王一听觉得自己再无机会当皇帝，于是决意谋反，暗地里拿编修《本草》的经费四处收买杀手。
由于杨洪勤按严世蕃的要求给裕王药中下慢性毒药，裕王终于病入膏肓。杨洪勤作为主治医官，被关入大牢。严世蕃答应很快就会救他出来。
徐长明找到李时珍，让他为裕王治病。景王却以修《本草》为名反对其为裕王治疗，被李时珍拒绝。
大明医圣李时珍分集介绍 第四十三集长葶等人担心裕王的病无药可救，劝李时珍别插手此事。李时珍不听劝告，坚持医者就要治病救人的宗旨。李时珍发现裕王有中毒症状，冒险使用奇方，最后终于把裕王从死亡边缘拉了回来。
李时珍一次又一次地破坏了李行义和严世蕃的诡计，这让他们很是恼火，于是他们设下圈套，让李时珍误闯苌葶为皇上祈福的禁地，犯下欺君死罪。皇上知道此事后欲将李时珍处死。苌葶为了保全李时珍的性命，同时减轻自已的罪责，将自已双眼毒瞎，还将自己和李时珍的过去讲给嘉靖听。皇上听了苌葶的故事，放了李时珍。李时珍和斯语对长葶的自残愧疚不已。
这时裕王病情又出现反复，李时珍再次给裕王诊治，并发现了裕王中毒的原因跟师傅华南记载的武宗皇帝中毒的原因完全一样。
大明医圣李时珍分集介绍 第四十四集崔方准备提审杨洪勤，发现杨已死于牢中。崔方将杨洪勤为裕王所开药方交于皇上，并告诉皇上这副药方与当年武宗皇帝的药方完全一样。嘉靖知道，只有皇族才有机会看到这个药方，这次裕王中毒一定是景王无疑，为保全皇家脸面，嘉靖决定让景王停修《本草》立即出京。景王决定垂死挣扎，找到严世蕃要拉他跟自己谋反。严世蕃马上将此消息告诉了父亲严嵩，严家父子为求自保，当即决定向皇上告秘，出卖景王。
李时珍发现景王所用丹药中有致人上瘾的火麻仁，便找到李行义质问。而此时的李行义正准备对嘉靖下毒手，他知道最后关头已经来临，不能让李时珍再阻拦自己的复仇大计，便将李时珍约出郊外，劝李时珍不要管自己的事。李时珍则劝李行义摆脱心魔，回头是岸，两人发生争执，混乱中李行义将李时珍推下山崖。
大明医圣李时珍分集介绍 第四十五集崔方通过小太监冯谨知道了李行义与杨敬妃的奸情，并发现了炼丹秘室的丹药有剧毒，便马上报告皇上。嘉靖在一天之内得知李行义和景王这两个自己最亲近的人原来都在暗地里要背叛自己，这无异于晴天霹雳，嘉靖的精神濒临崩溃。
嘉靖回过神来之后，决定严惩背叛者。景王被关入大牢，从此疯了。在皇宫大殿，嘉靖当着李行义的面将有毒丹药赐给杨敬妃吃下，眼睁睁看着她吐血而亡。然后嘉靖质问李行义为什么要害自己。李行义如实相告，自已是为家人复仇。嘉靖将李行义关入死牢，自己也因此一病不起，传李时珍前来医治，却发现李时珍已失踪。
斯语和黄一丰等人四处寻找未果，焦急万分。
大明医圣李时珍分集介绍 第四十六集徐长明从李行义那里得知李时珍已经死了，斯语等人悲痛万分。大家正在给李时珍办丧事的时候，李时珍却奇迹般地回来了。原来，李时珍掉下山崖之后，幸亏被八戒师父发现。李时珍与斯语相见，相拥而泣。李时珍来到大牢之中看望李行义。李行义已经被判处凌迟处死，于是他提出让李时珍帮忙，让他体面地死去。李时珍设法给他一杯药酒，等到行刑时，李行义已安乐死去。
嘉靖病愈后看见发疯的景王，便交待崔方，让他离开人间少受些罪。然后召见李时珍，想让他为自己寻找长寿之法，但李时珍却向皇上提出自己已经决意要离开太医院，回家乡去安心修本草。嘉靖无柰，同意让李时珍离去。李时珍离京之前，将一本医药笔记交给徒弟金基泰，让他带回朝鲜，将中华医药学发扬光大。
大明医圣李时珍分集介绍 第四十七集(大结局)李时珍回蕲州后，费尽周折将苌葶接回，与家人团聚，然后带着儿子建元和徒弟庞宪等人专心编修《本草》，他们还辗转湖广、江苏等地，历尽千辛万苦，寻医问药，为修本草收集大明医圣李时珍分集剧情介绍 第一手资料。万历六年，六十一岁的李时珍终于完成《本草》编修，并取名《本草纲目》。
为了此书付印，李时珍带着黄一丰东奔西走却到处碰壁，顾先生出面请王世贞为此书写序。万历十八年，金陵藏书家胡承龙见到《本草纲目》，并欣然应允出资刻印此书。此后不久，李时珍和斯语先后去世。
三年后，《本草纲目》全部刻印完毕，苌葶满意地离去。李时珍儿子建元将这部巨著进献给神宗皇帝，神宗派使者将《本草纲目》送往大明邻国，并流传至世界各地。《本草纲目》不仅对中医药学具有极大贡献，而且对世界自然科学的发展也起了巨大的推动作用(全剧终)
