何世中一再向林荫解释鲁鹏肯定前一天晚上有任务才导致白天在办公室休息。李玉娟找李飞帮她看摊，说自己要去趟奉河，李飞在关伟的逼迫下说出了此事。林荫和黄淼在咖啡厅等候江南，可来的却是韩锋，他说江南临时有事来不了。
关伟跟着李玉娟来到奉河边的树林，耿凤臣出现了，关伟刚拔出手枪，又一支强弩射中了耿凤臣身边的李玉娟，耿凤臣撒腿就跑，关伟在后面紧追不放。耿凤臣穿越公路时飞身上了一辆驶过的卡车并趴在车箱里再次逃脱。
徐进安和关伟分析耿凤臣一定会来医院探望受伤的李玉娟，他们在医院布了两道网。耿凤臣化装成护工在陈云亮的眼皮底下大摇大摆地进入了李玉娟的病房。前来巡察的关伟发现有问题，耿凤臣已经溜出了医院。
医院外面的赵民堵住了耿凤臣的去路，勒令他举手投降。耿凤臣面无惧色，反而辩解自己是被人陷害的，他没有杀人也没有袭击过林荫，这时徐进安和关伟追来了，关伟突然开枪，赵民一走神，耿凤臣趁机消失在黑暗中，赵民举枪犹豫着却始终没能扣下板机。陈云亮和关伟认为赵民是内奸的证据确凿，林荫要赵民自己解释，赵民还是认为耿凤臣不像杀人犯。林荫一怒之下，缴了他的佩枪和手铐。
反黑使命2沉默第11集剧情介绍刑警队报告在医院附近的废弃房里发现了耿凤臣留宿的痕迹。林荫和何世中在去现场路上谈论着赵民的问题，林荫告诉政委他之所以这么处理赵民是因为必须这么做，可以堵上别人的嘴，何世中说他明白。
突然，林荫接到了耿凤臣的电话，耿凤臣重申他是被冤枉的，不要再追他了，林荫劝他来自首，耿凤臣说现在不行，有人会害他，等他找到证明自己清白的证据再来自首。林荫还未来得及向上级汇报，任大祥匆匆赶来，给林荫看了一份监听他手机的电话清单，并称这是为了保护林荫安全的正常措施。
林荫非常愤怒又不便发作，只能说保留自己的意见。林荫和何世中、赵民在作案情分析时指出，耿凤臣就是他遇袭那晚给他打神秘电话的那个人，林荫听出了他的声音。赵民推论，这就意味着那晚是耿凤臣先打电话给林局，为防意外又把电话交胡万生让他代替赴约，自己暗中观察。
结果是真有凶手把胡万生当耿凤臣杀了，凶手为逃跑而打伤了林局，林荫完全同意他的分析，当即恢复了他的工作。耿凤臣找到李飞制责他出卖自己，李飞向其认错并将耿藏在货车里送到安全处。随后面对林荫、关伟他们的问讯，李飞真的没说出耿凤臣的去向。袁万春召见任大祥，提出让公安人员撤离他的周围，他自己的保镖可以保护自己。
反黑使命2沉默第12集剧情介绍林荫越来越觉得所有的行动和工作是如此的不保密和安全，肯定了泄密问题的存在，林荫和政委决定成立单独的专案组。在确定组长的讨论中，赵民和何世中再三推荐认为鲁鹏最为合适。林荫决定再次进山考察鲁鹏。在鲁山派出所一切真相大白，鲁鹏当然是为了工作日夜颠倒才让林荫看到办公室休息的那一幕。
成立专案组的消息让分局翻了天，关伟等怨言满天。陈云亮多次要求加入专案组，鲁鹏说服林荫将他吸纳，但条件是搞好同志间的关系，不许再提内奸的事。任大祥怒气匆匆来到分局，批评林荫不及时汇报擅自成立专案组。
林荫反击道，换新人员换新思路就是想尽快破案，这没有错。任大祥指责林荫太自以为是便扬长而去。没多久，市委书记蒋万德就把林荫叫到市里，当着任大祥的面对林荫进行批评，并说任用的鲁鹏原来的分局的刑侦副局长，因为犯错误才下调到鲁山派出所的，现在突然把他上调怎么不进行商量。
林荫作了解释，说这是他和政委何世中商量的结果。蒋万德更火了，说何世中是老好人，年龄大了，应该提拔个年轻的同志来替换他。林荫知道肯定是任大祥在蒋书记面前煽风点火了，可他怎么也想不通蒋书记为什么要替任大祥出头。
